Эта шутка построена на двойном значении слова "кажется". В первом случае оно может выступать в значении "я думаю", "похоже", "видимо", "возможно" и так далее. Во втором случае это слово может употребляться в смысле "видится", "мнится", "чудится", "мерещится".
Когда мы употребляем слово "кажется" в первом смысле, тот, кто использует эту шутку по отношению к нам, "переворачивает" этот смысл на другой, и в этом случае уже, действительно, креститься надо от наваждения нечистой силы. Получается просто игра слов.
Например:
- Кажется (видимо, возможно), сегодня пойдёт дождь.
- Когда кажется (мерещится, чудится) - креститься надо.