Был ли геноцид индейцев, проживавших на территории России?

В Русской Америке нет, хотя как отметил в своем ответе Андрей, вооруженное противостояние имело место.

В Сибири и на Дальнем Востоке ситуация сложнее. Лично мне кажется, что события сопутствующие освоению этих территорий геноцидом назвать нельзя, потому что это все-таки системное явление, а вот освоение Сибири было довольно хаотичным.

Тем не менее, было много эксцессов. Мой любимый пример - биография Ерофея Хабарова. До своего визита на Амур он успел много дел наворотить в Сибири - зарабатывал нелегально - контрабандой и вполне легально - построил мельницу и организовал соледобычу в Усть-Куте. Потом попал под арест из-за конфликта с Якутским воеводой Головиным, который требовал от него бесплатный хлеб. Когда вышел услышал о невероятно богатых землях на Амуре и набрав кредитов снарядил экспедицию.

Но вот беда, земли оказались не слишком богатыми, а долги отдавать надо. В итоге он целый год просто плавал вдоль берега реки и грабил всех, что найдет. Дошло до того, что местные жители, до этого ненавидевшие манчжуров обратились к последним за помощью от злых русских.

Последовал затяжной конфликт, закончившийся поражением для России, во многом потому что после грабежей Хабарова и эвакуации населения китайцами, побережье обезлюдело и банально не с кого было собирать фураж.

При этом самого Хабарова оказался в Москве под судом, который запретил ему возвращаться на Амур.

Можно ли это все назвать геноцидом? Вроде нет, но явно это было не мирное соседство.

Организованного геноцида не было, были карательные операции в отместку за нападение на купцов, обижавших алеутов. Конфликт был, сдерживаемый православными миссионерами.