Имя Маргарита греческого происхождения и означает жемчужина. А как у него появилось значение цветок?

Значение цветка это слово приобрело во французском языке. Вероятно, из-за белых лепестков с розоватым отливом.
Из французского это слово попало и в другие языки.
Вот такие варианты этого слова в других языках указаны во французском словаре:

В английском языке этот цветок называется daisy и происходит от древнеанглийского слова dægeseage - "око дня". Это связано с тем, что маргаритки открываются днём и закрывают свои лепестки ночью.

Интересно, что хоть цветок в английском и называется по-другому,  связь с французским словом marguerite всё-таки прослеживается. В английском есть имя Margaret. Это изменённое французское имя Marguerite. В английском сокращённая форма имени Margaret - Daisy, поскольку во французском marguerite - это и имя, и цветок. Получается такая изящная игра слов. :)