Это слово образовалось суффиксальным способом от слова "ушкуй", которым на Северо-Западной Руси называлось небольшое речное судно с низкой осадкой. Суффикс "-ник" обозначает лицо по свойству или признаку, которые определяют его отношение к предмету, занятию; в данном случае тот, кто плавает на ушкуе.