Взаимоотношение орфографии и фонетики это постоянное противостояние архаики и модернизма в языке, причем такое явление было характерно для большинства языков со сложившейся литературной традицией, а как именно это противостояние происходит я сейчас постараюсь проиллюстрировать. Однако сперва уточню, что все сказанное будет верно для языков с алфавитной системой письма, иероглифические системы наверняка имеют свою историю взаимодействия орфографии и фонетики.
Для начала надо сказать, что в момент создания любая система письма достаточно точно отражает актуальное произношение этого языка. Так, если мы видим в латыни слово 'natio' — род, рождение, то произносилось самими римлянами оно как [натио]. Позднее в ходе развития языка и при участии средневековых ученых традиция произношения изменилась и это сочетание стали произносить как [нацио], что позднее, посредством заимствования из европейских языков, превратилось в русское нация. На этом примере мы видим, что орфография сохранила оригинальное произношение, а фонетически слово изменилось, но не повлияло на нее.
Теперь рассмотрим другой пример. Латинское слово 'collega' — товарищ образовалось при помощи приставки 'con-' — 'вместе с' и глагола 'lego' — 'я выбираю'. Логично предположить, что слово должно выглядеть как 'conlega', такие формы есть, мы можем найти их в архаических надписях или, к примеру, в речи Цицерона против Пизона. В этом случае орфография достаточно долго противостояла фонетике, однако форма collega, отражающая реальное произношение, в итоге победила. Таких примеров можно найти много в истории латинского языка, но давайте перейдем к более понятному нам русскому языку.
Самое первое правило, которое запоминают дети, учащиеся писать — '-жи-, -ши- пиши с буквой и'. Однако мы никогда не произносим этот звук в таких сочетаниях, мы всегда слышим и говорим 'ы'. Почему же тогда тут 'и'? В древнерусском языке согласные 'ж' и 'ш' были исключительно мягкие и после них употреблялись в основном передние гласные 'и', 'е'. То есть люди буквально говорили [ж'из'н'], а не [жыз'н']. Однако примерно к XIV в. эти гласные отвердели, так что в различных документах мы можем встретить написание этих сочетаний через 'ы'. В последствии, при унификации орфографии русского языка, сложилась традиция писать эти сочетания исконным способом, хотя так никто уже не говорил. Таким образом фонетика уступила орфографии.
Примером же, где орфография уступила фонетике, можно считать чередования 'ы/и' в словах, образованных при помощи приставок на 'з', ср. искать — розыск. По всем правилам орфографии мы должны писать во втором случае 'и', но традиция произношения победила и мы пишем то, что мы действительном слышим и произносим.
Таким образом, можно говорить, что взаимодействие орфографии и фонетики это всегда интересный процесс, который позволяет нам глубже погрузиться в историю языка и, самое интересное, понять то, как на самом деле говорили наши предки.