Это не только проблема школьников, и не только современных. Как и всегда, в языке работают шаблоны: есть общеупотребимые слова с довольно высокой частотностью: "туннель", "тоннель", "панель" и даже "Chanel" ("Шанель"). Во всех этих словах "н" не смягчается: [*нэ́л❜]. Это и влияет на произношение слова "шинель".
С другой стороны, более "архаичные" (беру в кавычки специально) слова с более низкой частотой употребления в повседнейвной речи типа "шрапнель", "артель" и даже "фланель" произносятся с мягкой "н": [*н❜э́л❜], и их произносит неверно даже подавляющее большинство взрослых.