Может компания-разработчик обязать заказчика использовать разработанный ею логотип, если тот принят компанией-заказчиком?

Исполнитель сделал логотип и хочет, чтоб заказчик использовал? Нет, не может требовать. Независимо передано исключительное право или нет. В целом ситуация будет походить на ограничение прав. 

Можно порассуждать с позиции принципа свободы договора. С такой позиции можно допустить ситуацию, но должны быть специальные условия об этом. 

В договоре коммерческой концессии такое допускается, возможно в лицензионном договоре.