И ТОРГ12 и УПД это первичные документы. Использовать можно оба, основываясь на том, что написано в учетной политике. Но в ТОРГ12 нельзя выписывать услуги, в УПД можно. Плюс в УПД содержатся данные по НДС, т.е. если выписан ТОРГ12 и в нем товар с НДС, нужно обязательно сделать счет-фактуры, если делается УПД, то он уже включает в себя информацию по НДС.