Если просто, то это неизвестные вам помехи, которые могут появиться в процессе выполнения какой либо задачи.
Изначально, это термин мореплавателей, которые идя на лодке или корабле по водам, не могли представить, где они могут натолкнуться на камни, скрытые водой.
Например: Вам нужно помыть посуду, и всё для этого у Вас есть. Однако, в процессе мытья оказывается, что намыленные тарелки не держатся в руках, они выскальзывают, и легко могут разбиться сами, или разбить посуду лежащую в раковине.
Это неизвестное их свойство и есть в данном случае - "Подводные камни".