Вы о чём?
Провода от гнёзд USB 2.0 и картридера - если он есть - подключаете к соответствующим своим гнёздам на МП, USB 3.0 - к своим.
Не перепутаете - они физически отличаются. Провод от гнёзд микрофона и выхода на наушники - к разъёму "Аудио" - у него конфигурация от USB 2.0 заметно отличается.
Очерёдность - по барабану.
Делать вы это должны в первую очередь после установки МП в корпус - или хотя бы прикинуть схему прокладки, что бы эти провода потом остальным шлейфам не мешали.