На материнке ПК есть 2 разъема SATA 3. На одном разъеме дисковод, на другом стоит HDD. Можно ли вынуть дисковод и поставить ещё один HDD?

Можно. Собственно для этого и сделаны разъемы, чтобы можно было подбирать конфигурацию компьютера под себя. Можно также, когда потребуется дисковод, подключить его вместо HDD.