Ну формально оно не было уничтожено. Последний король независимой Бургундии Рудольф III умер бездетным, его наследником избрали императора Священной Римской Империи Конрада II. Императоры продолжали носить титул королей Бургундии вплоть до самого роспуска Священной Римской империи в 1806 году.
Другое дело, что сама по себе структура Священной Римской империи не способствовала сохранению входящих в неё королевств как обособленных структурных единиц. Так же, как Германия с Италией, Бургундия превратилась во множество мелких феодальных владений, не считавших себя частью чего-либо более крупного помимо самой империи.
Как известно, в качестве полноценных государств Германия и Италия возродились только в XIX веке. А вот Бургундии не повезло: к тому времени часть её территории у империи отвоевала Франция, а часть вошла в объединение горных кантонов и стала территорией независимой Швейцарии. В итоге к тому моменту, когда стало возможным возрождение полноценной Бургундии, возрождать её было уже негде.