В Российской империи если говорили, что помещик владеет тысячей душ крепостных, то речь шла только о мужчинах или и о членах их семей?

Для правильного ответа на данный вопрос, необходимо учитывать, правильную формулировку определения душ в то время. Сам термин вводился для расчета подушевого налога (указом Петра I), то есть в тот период, когда подати стали собирать не с дворов, а с ревизских душ, то есть мужчин любого возраста. Кстати и земля выделялась в надел только мужчинам. Поэтому если в семье был отец, дед и 3 сына, то это 5 душ, а если только женщины, то они и не облагались налогами.

Речь шла только о мужчинах-крепостных, которые находились под юридическим и экономическим контролем помещика. Члены их семей не были включены в этот список.

Вообще, насколько я понимаю считались только лица мужского пола. Как там у Некрасова: "Семья-то большая, да два человека. Всего мужиков-то, отец мой, да я.".

А у Мельникова-Печерского, ещё проще: "Баба, да девка, что лук, да репка.".

Это, кстати, одна из причин, почему весной и летом 1917 года крестьяне начали расправляться с помещичьим усадьбами и их обитателями.