Вопрос непростой, поскольку не ясно, что в подпадает под данное определение - формально 90-95% музеев можно отнести к историческим.
Базируясь на личном опыте, из крупных я бы отметил Музей политической истории России в Санкт-Петербурге - очень качественная и взвешенная экспозиция, поднимающая важные вопросы. Интересная экспозиция в Музее русского зарубежья (Москва).
С музеями локальной истории все еще сложнее, поскольку вместо локальных нарративов у нас зачастую идут местные иллюстрации к федеральным/советским учебникам истории. Из счастливых исключений можно назвать Музей Арсеньева (Владивосток), Музей Ижевска, Музей истории Екатеринбурга.
В этот же список входят и музеи с Международными призами - Музей истории ГУЛАГ и Музей Ельцина.