Замечательный вопрос, на который попробую ответить в исторической ретроспективе. Если не брать падение метеорита, после чего образовались эукариоты и падение другого, ставшего причиной массового вымирания 65 миллионов лет назад, то первой по хронологии катастрофой, влияние которой является неоспоримой - это извержение супервулкана Тоба примерно 75 тысяч лет назад. Это привело ко второму "бутылочному горлышку" в истории человечества, когда численность людей на всей земле сократилась примерно до 15 тысяч особей. Это стало причиной сокращения видового и генетического разнообразия, благодаря которому современные люди являются именно такими, какие есть.
Далее можно назвать начало нынешнего межледникового периода, когда произошло резкое изменение климата. Именно тогда началось заселение Америки человеком, а не произойди этого - современный мир мог выглядеть совершенно иначе.
Далее можно назвать несколько крупных наводнений, происходивших в разное время на Ближнем Востоке, легших в основу мифов о Всемирном Потопе. Сейчас есть несколько гипотез о том, когда эти наводнения были (разбросы там в десяток тысяч лет), но безусловно, свое влияние на историю человечества, по крайней мере историю культуры, они оказали.
Следом по хронологии я бы упомянул извержение вулкана Санторин (где-то между 1645 и 1500 годами до нашей эры). Результатом его стало почти полное уничтожение острова Фера и крушение минойской цивилизации на Крите. Также, возможно, это событие легло в основу мифа об Атлантиде.
Далее необходимо упомянуть засуху и серию землетрясений, которые произошли в Восточном Средиземноморье на рубеже XIII-XII веков до нашей эры. Они стали одним из звеньев в цепочке событий, приведших к самой крупной катастрофе в истории цивилизации - коллапсу бронзового века.
Не могу пройти мимо событий 11 года нашей эры, когда в Китае произошла резкая смена русла Хуанхэ, что привело к массовому голоду, в результате чего зашатался режим Ван Мана - такого китайского аналога Бориса Годунова.
Также я бы назвал подъем уровня Каспийского моря примерно в X веке нашей эры, что привело к существенному ослаблению Хазарского каганата, за которым последовал его разгром князем Святославом.
Ну и, наконец, не могу не отметить первую фазу Малого ледникового периода (в XIV-XV веках), приведшую к резкому похолоданию и Великому голоду в Европе, следствием чего стало возобновление барщины и крупные крестьянские восстания.
Наверняка были и другие примеры, это только те, что пришли в голову навскидку.