Потому что это объяснение лучше описывает всю совокупность наблюдений.
Однако формулировка вопроса неточна. В самом обычном классическом эффекте Доплера энергия излучения тоже теряется. И этот эффект используется в технике. Например, в устройствах для лазерного охлаждения атомов. Потому что суть эффекта Доплера заключается в изменении частоты излучения в зависимости от относительного движения источника и приемника. А энергия электромагнитной волны пропорциональна ее частоте. Частота уменьшилась - энергия уменьшилась.
Однако, я так понимаю, Вас смущает именно сам факт изменения частоты. И вот тут есть затык: никакими другими способами фотоны не смогли бы терять энергию так, как это наблюдается в действительности.
Для поглощения энергии фотонов какими-то препятствиями (облаками газа и т.д.) просто не хватит вещества. Это раз.
Во-вторых, поглощение и переизлучение меняет спектральные линии, чего в реальности не наблюдается.
В-третьих, если бы дело было в этом, мы бы видели существенную неравномерность космологического красного смещения, в зависимости от того, какие объекты и в каком количестве перекрывают наблюдаемые красно-смещенные галактики. А мы не видим.
В-четвертых, поглощение фотонов разных частот происходит по разному. Т.е. одни частоты фотонов были бы сильнее смещены, чем другие, т.к. там степенная зависимость от частоты. В реальности, красное смещение одинаково во всем спектре. Т.е. один и тот же объект, наблюдаемый в видимом спектре и, скажем, в инфракрасном, смещен одинаково.
В-пятых, пропорциональность вовсе не прямая. Закон Хаббла справедлив только до определенного масштаба. Дальше зависимость становится сложнее в силу ряда причин.
Наконец, в-шестых, космологическое красное смещение - это не единственный факт, свидетельствующий в пользу расширения Вселенной. Есть и другие.
Например, соответствие поверхностной яркости объектов их наблюдаемому оптическому размеру. Идея в том, что свет от объекта был излучен им давно, когда объект был ближе к нам, а за время пока свет добирался до Земли, объект отодвинулся от нас в силу расширения Вселенной. Поскольку поверхностная яркость обратно пропорциональна квадрату расстояния, то в статичной Вселенной, объекты должны быть ярче, чем наблюдается в реальности - строго обратно пропорционально квадрату расстояния. Но в расширяющейся Вселенной все иначе - расстояние увеличилось, поэтому фотонов с той же оптической поверхности объекта дошло до Земли меньше, чем дошло бы в случае статичной Вселенной. И зависимость там получается уже в четвертой степени от величины красного смещения.
Еще пример:
кривые блеска сверхновых. Чем дальше вспыхнула сверхновая, тем сильнее на ее кривой блеска отражается эффект замедления времени, обусловленный космологическим расширением. И это тоже наблюдаемый факт, который никакой потерей энергии не объясняется.