Лично я уже более 6 лет использую Amocrm (для агентства праздников). Соотношения цена/качество/функционал для меня идеальное.
Для относительно небольших организаций, чаще всего должностные инструкции разрабатывает "верхушка" (собственник, директор или кто-то из топ менеджеров)