Тильда значит "все кроме этих". В вашем случает все строки, кроме тех, что в non_numberic_profits.
Ее часто используют с isin, что бы передать логику как not is in:
# все строки с цветами red и white
df[df.color.isin(["red", "white"])]
# все строки, с цветами НЕ red и НЕ white
df[~df.color.isin(["red", "white"])]