Это довольно просто. Фрейд считал, что Юнг станет продолжателем его идей, а Юнг мечтал открыть что-то свое. Отсюда вот основные расхождения:
Фрейд опирается в работе на перенос. Юнг не понимает как он работает, и путает переносные чувства и реальные (и спит с пациентками).
Фрейд в итоге приходит к мысли, что универсальных символов нет (одно и то же значит для разных людей разное). Юнг уверен что они существуют (архетипы). Отсюда возможность говорить о коллективном бессознательном, которое Фрейд отрицал.
Фрейд чужд всякой мистики и атеист. Юнг верит в паранормальные вещи (в его семье многие занимались спиритизмом), даже в теорию пытается ввести подобное ("синхроничность").
Фрейд опирается на слова и слушание для доступа к бессознательному (свободные ассоциации). Юнг на воображение и образы (активное воображение).
Фрейд признает свои ошибки (в "случаях"). Юнг никогда. Он даже не извинился за работу редактором в нацистском журнале, в котором сам писал про разницу арийской и еврейской психологий (и никто даже не запретил ему работу после войны).