Здравствуйте, ответ неоднозначный, к сожалению. С одной стороны, такие суммы не являются доходом для самозанятого, поэтому, на мой взгляд, платить налог с них не нужно. С другой стороны, поступления на счет самозанятого денежных средств от юрлица будет расцениваться налоговыми органами как доход для целей налогообложения (то есть налог с этих средств потребуют заплатить). И здесь все зависит от вашей готовности к спорам с налоговой.
Давайте на цифрах.
К примеру, юрлицо перечисляет вам деньги на покупку материала стоимостью 150 000 рублей, а вы как самозанятый берёте за свою работу 5000 рублей. Получается, если платить налог со стоимости материалов, то в целом налог будет 9000 руб. (150 000 + 5000)х6%. То есть налог будет больше, чем само вознаграждение за вашу работу. Ситуация абсурдная, конечно.
В идеале - попросить юрлицо самостоятельно оплатить материалы/оборудование. В таком случае проблемы удастся избежать.