Как быть, если зданию необходим крупный капитальный ремонт (есть экспертное заключение), а акционеры против этой крупной сделки?

Вы ничего не сможете сделать с решением акционеров. Они вправе отказываться от сомнительных сделок, которые могут нанести финансовый ущерб организации и самим акционерам.