Первиные бухгалтерские документы - те, которые поступают в бухгалтерию и являются основанием для внесения в программу 1С и формирования проводок: накладные, счета, акты выполненных работ, кассовые документы и т.д. Иначе говоря, документы, подтверждающие факт сделки.
А документы для налоговой - это отчеты, которые формируются по итогам работы за месяц/квартал/год: декаларации по налогам, журналы и расчеты.
Но налоговая может также запросить для проверки и первичные документы.