Формально, отказать в приеме в учебное заведение могут лишь при отсутствии в нем свободных мест. У нас есть ст. 43 Конституции, решения ЕСПЧ и прочих организаций. Фактически, образовательное учреждение может пытаться нарушить ваши права, не принимая детей, и тогда уже следует обращаться с жалобой на их действия. Хотя, пожалуй, проще всего было бы поступать в платные школы, принимающие иногородних.