В Вашем случае Вы значительно изменяете условия договора, то есть сам предмет договора, то, при оплате пошлины Вам следует руководствоваться пунктом 22 статьи 333.33, т.е. физическое лицо должно уплатить 2000 рублей, а юридическое - 22000.
В случае если обращаются не одно физлицо или юрлицо за регистрацие йизменений в договоре, то сумма пошлины делится пропорционально между всеми заявителями.
Рекомендую также к прочтению письмо Минфина, в котором специалитсы разъясняют, почему именно такой размер пошлины. Письмо от 2006 года, но принцип работы структур сохраняется по сей день в данном вопросе http://docs.cntd.ru/document/901982074.