Да, НДС уплачивается обязательно с любого товара. Разница только в том, кто его будет переводить на счет в налоговую.
Если в счетах указано, что НДС уже удержан, значит вам не нужно дополнительно его оплачивать. Если же товар куплен "без НДС", то сумму налога должны переводить вы.
Приобретение оборудования не является базой по НДС, т.е. платить налог с покупки вроде бы не нужно. Однако цель покупки с НДС - это возможность принять НДС к вычету, уменьшив тем самым подлежащий уплате налог. В Вашем случае оборудование куплено без НДС, соответственно к вычету принимать нечего и НДС к уплате будет больше, чем если бы Вы купили это оборудование с НДС.
Ничего не понял. Какой вычет если НДС не платится? Из нуля вычитать будут?