Добрый день!
Да, Вы можете заполнить декларацию 3-ндфл за тот год, в котором были расходы на лечение и отразить доходы из справки 2-ндфл за данный год. Роли не играет, что в справке будет только 6 месяцев. К возврату Вы получите в любом случае не более чем в пункте 5 справки 2-ндфл Сумма налога удержанная.