Был ли создан ЖКТ человека для термически обработанной пищи?

Нет, не был. Но человек и его органы изменялись в процессе развития и перехода на обработанную пищу. Это нельзя не иметь в виду, рассуждая о ЖКТ в его "первозданном виде".