Так, во-первых, никаких "законов природы" не существует. Существуют наблюдаемые нами в в природе повторяющиеся процессы, причем по большей части мы даже не знаем о них многого. "Научные законы" - это уже следствие теоретической систематизации, фактов чтобы облегчить понимание. А "законы природы" - это вообще фразеологизм, устойчивое и неточное выражение.
Во-вторых, Библия исходит из посылки, что материальный мир сотворен Богом. Весь. Целиком. Следовательно, как "менять механизм изнутри" Бог знает и никакого нарушения законов там не будет. Это мы не знаем всех закономерностей, которые существуют, т.к. настоящая теоретическая наука у человечества только с ХVI-XVII в. появилась.
Теперь ответ на ваш вопрос. Чудеса бывают. Подобны ли они библейским или нет - я не знаю. Но как и во времена Христа, они достаточно редки. Это когда вы Библию читаете, вам кажется, что чудес слишком много. На деле же представьте себе Римскую империю на карте. Представили? Теперь посмотрите мысленно, где там Иудея. А теперь представьте глобус планеты Земля. В общем, если бы христианство не распространилось по Земле, о чудесах в Иудее бы никто не узнал.