Я буду отвечать, предполагая, что слово «атеист» в вопросе значит «неверующий», иначе вопрос не имеет смысла, атеисты тоже бывают верующими.
Сразу признаюсь, я не знаю ответа на этот вопрос, я никогда не испытывал никаких религиозных чувств и, вероятно, просто не способен на них физиологически. Я могу лишь догадываться, как мыслят верующие, по косвенным признакам.
Я пришел к выводу, что верующие каким-то образом способны напрямую управлять своими убеждениями, грубо говоря, если верующий захочет быть убежденным, что 2+2=5, одного этого желания уже будет достаточно, чтобы сформировать такое убеждение. Неверующий человек либо в принципе не способен на такое, как я, либо сознательно отказывается так делать. Желания всё еще могут влиять на убеждения неверующего человека, но лишь косвенно, не по его воле. В отличие от религиозной веры рациональные убеждения не могут быть предметом выбора.
У атеистов зачастую (не всегда) развитые скептическое и критическое мышление, увлечение исследованием законов природы, развита и логика. Они замечают много странного и нелогичного в писаниях нестыкующегося с научными данными и реалиями и поэтому не могут легко принять это всё.
Одним днем живет эгоцентричный, неблагородный человек, не сознающий себя частью мира. Зачастую это верующий в бога или в атеизм.
У атеиста преобладает научный подход и критическое мышления, рассмотрение любой гипотезы (в ом числе и гипотезы наличия некой сверхсилы) через призму наличия\отсутствия доказательств и т.д.
У верующего же преоладает слепая вера.