Только не слушайте бредни о спекулянтах-капиталистах, которые только и мечтают, как бы из простых покупателей вытрясти побольше денег, лучше обратитесь к структуре себестоимости)
Навскидку: различия в арендной плате, в заработной плате, в логистических издержках дадут Вам правильный ответ на вопрос. Не забывайте о том, что нельзя исключать необходимость давать откаты и взятки, которые в столице явно больше.
А зарплаты в регионах зависят от уровня жизни, я думаю, этим можно объяснить различие.