Некоторой стохастичностью эмбриогенеза. Информация ДНК - это не столько точная "технологическая карта", сколько "рецепт", который хозяйка (средовые факторы) модифицирует удобным образом. Потому борщ, оставаясь борщом - у каждой хозяйки - свой собственный...
Посмотрите на рисунок сосудов на тыльной стороне ладони и убедитесь в том, что "древо" сосудов не обладает идеальной симметрией. Сильно различаясь на левой и правой руках.
То есть программа онтогенеза определяет сам факт - прорастания сосудов в сторону пальцев. Но путь их будет индивидуальным - зависящим от влияний окружающих тканей, и влияний извне эмбриона (гравитация, прежде всего).
Так и с индивидуальной неповторимостью папиллярного узора. На наследственную программу, обеспечивающую сходство П.У. у родственников - накладываются средовые влияния. Поэтому даже у однояйцевых близнецов - папиллярный узор различается.