Все фенотипические проявления генов, а также их взаимодействия между собой, обуславливаются белками, которые они кодируют. То, что мы называем доминантностью или рецессивностью генов, является ничем иным как вкладом их продуктов в формирование целого организма.
Проще объяснить на упрощенном примере: ген цвета волос кодирует фермент, обеспечивающий накопление в них пигмента. Есть два варианта гена (два аллеля) - нормальный и дефектный. Первый, попадая в гомозиготное состояние, будет обеспечивать нормальное накопление пигмента и соответственно черный цвет волос, второй же не способен к его накоплению, следовательно волосы будут обесцвечены. Находясь в гетерозиготном состоянии, каждый аллель воспроизведет свой фермент, однако пигмент будет накапливаться благодаря наличию первого аллеля и волосы приобретут цвет (возможно не черный, так как речь уже будет идти о неполном доминировании). В этом случае чего мы скажем, что первый аллель доминирует над вторым
Это очень упрощенная модель но она показывает, что на биохимическом уровне нет особой разницы между доминантными и рецессивными генами, мы можем говорить об их эффекте, только когда в целом смотрим на фенотип
один из аллелей может подавлять экспрессию другого, либо транслят доминантного вносит неизмеримо больший вклад в фенотип, чем транслят рецессивного.