Тень расположена там, где ее ожидают - это тень от органа, который заведомо понятно где расположен. А пятно - это затемнение (на снимке наоборот, светлое пятно, но все равно называется затемнение) там, где тени от органа быть не может.
Соответственно, врач, рассматривая снимок, обращает внимание на тень от органов (сердца, например), и ее форму, и на прочие пятна, которые, на самом деле, тоже тени (затемнения), но называются в просторечии "пятнами", чтобы отличать от "тени", которую дают органы.