Что будет, если написать ВПР по физике и по алгебре на 2?

Ничего не будет. Это всероссийская проверочная работа, которая направляется в мин образования для сбора "статистики". Оценка никак не повлияет ни на годовую, ни на итоговые оценки в четверти. Хотя учителя не будут сильно рады, так как ВПР может влиять на рейтинг школы