Возможно, что из-за температуры. Опыление растений происходит днём, а у помидор пыльца зреет по ночам, и чтобы она вызрела ей необходима температура от 15 до 25 градусов. В дневное время температура в теплице не должна превышать +35ºС, иначе пыльца станет стерильной и растение сбросит цветки. Попробуйте проветривать теплицу и оставлять открытой на ночь.