Пальмовое масло и транс-жиры - это совершенно не связанные вещи.
Вообще все жиры - это триглицериды жирных кислот. Жирные кислоты бывают предельные и непредельные, в непредельных присутствуют двойные связи, а в предельных их нет. Жиры с непредельными кислотами обычно жидкие при комнатной температуре (например обычные растительные масла, подсолнечное, оливковое), а жиры с предельными кислотами обычно твердые (сливочное масло, и вот как раз очищенное пальмовое масло).
Фрагменты с двойными связями природного происхождения имеют цис-строение, то есть ферменты их делают такими в растениях, а ферменты в организме животных способны их расщеплять. Но когда из жидких растительных масел делают твердый маргарин посредством гидрирования, возможно в качестве побочной реакции образование транс-фрагментов:
(Картинка из статьи Trans Fat в Википедии)
Эти транс-фрагменты не могут расщепляться ферментами организма и поэтому имеют склонность к накоплению, ну и это вредно. Небольшое количество транс-жиров присутствует и в сливочном масле, их делают бактерии в желудках коров. Но все-таки основной источник-транс жиров - это маргарин.