Добрый день. Необходимо создать макет страницы с измененной шапкой, тогда вы сможете выбирать этот макет при создании новых страниц. Сейчас же у вас скорее всего просто изменена шапка у страницы index.php. Создайте новый макет страницы и тогда у вас будет выбор, использовать шаблон со старой шапкой, или с новой.