Используйте цветовые категории. Чтобы пометить письмо - кликаете правой кнопкой мыши и выбираете категорию. Для настройки категорий используйте "Главная" - "Все категории".
Можно при помощи перемещения их в отдельные папки или созданием цветовой категории, щелчок правой кнопкой по сообщению - Выбрать категорию. Так же можно это делать через меню Теги - Задать категорию.