Как настроить Thunderbird что бы он не помечал письма как прочитанные на сервере?

Идете по пути "Инструменты" - "Настройки". В появившемся окне слева выбираете "Отображение". В правой части на вкладке "Дополнительно" задаете необходимые настройки.

Вообще ThunderBird работает только с сервером. И если Вы прочитали письмо - оно прочитано. Флаг ставится автоматически. Вы можете сами сделать их непрочитанными - но руками выставить флаг "Непрочитано".