Группировку запросов для сайта можно сделать, как в программах, так и в сервисах. Бывают, как платные так и бесплатные варианты, рассмотрим каждый из вариантов:
Платные программы
Бесплатные программы
Бесплатные сервисы
Платные сервисы
Более подробное описание каждого сервиса с пошаговой инструкцией по кластеризации, вы можете прочитать в инструкции по сбору семантики.
Чтобы быстро и бесплатно сгруппировать запросы можно воспользоваться кластеризатором Кулакова (до 1000 поисковых фраз бесплатно). Для инфо, рекомендую ставить порог группировки - 2. Для коммерческих сайтов - 3-4 и указывать регион продвижения. Более подробно все методы рассмотрены в этой статье - https://altblog.ru/klasterizaciya_zaprosov_semanticheskogo_yadra/