Попробуйте выводить символ backspace cout << '\b'
Или использовать system("cls");
Или использовать способы в статье http://www.cplusplus.com/forum/articles/10515/
Или printf("\e[1;1H\e[2J");
Тест:
#include <stdio.h>
int main(int argc, char *argv[]){
printf("\e[1;1H\e[2J");
printf("3\n");
sleep(1);
printf("\e[1;1H\e[2J");
printf("2\n");
sleep(1);
printf("\e[1;1H\e[2J");
printf("1\n");
sleep(1);
printf("\e[1;1H\e[2J");
printf("0\n");
return 0;
}