Если карта Яндекс.Деньги - никакой комиссии нет, кошелек уже привязан к карте, на ней доступны деньги из кошелька.
Если на банковскую карту по номеру карты — 3% + 45 ₽
По реквизитам счета той же карты (межбанковский перевод) — 3% - это чуть выгоднее, чем по номеру карты.
UPD. 28.12.2020 - Теперь из Яндекс.Денег (ЮMoney) можно делать переводы по номеру телефона на карту любого банка (через СБП). По 3500 в день, до 100000 в месяц без комиссии, как того требует Банк России
45 р России?