Однозначного ответа на этот вопрос не существует. Со времени возникновения такой идеи и услуги как создание прототипов, ведутся споры между разработчиками, дизайнерами, заказчиками и другими участниками процесса.
Если вы хотите получить хороший сайт или предполагается, что у сайта будет сложная структура, то создание прототипа рекомендуется сделать. Нужно это хотя бы потому, что любой прототип по своей сути - действующая модель на которой можно проверить как будет выглядеть дизайн, откатать все возможные процессы и сценарии взаимодействия пользователя с вашим сайтом. Без прототипа для такого сложного проекта как, к примеру, сайт интернет-магазина, сложно понять какой будет конверсия у той или иной страницы, а значит, деньги, потраченные на разработку будут фактически потеряны.
Прототип не нужен только в случае если необходим небольшой и простой сайт, на котором нет сложной логики и функционала (например одностраничный сайт-визитка). Во всех остальных случаях лучше сначала разработать прототип, чтобы на остальных этапах создания сайта было меньше проблем и лишней работы.