Прототип не нужен только в случае если необходим небольшой и простой сайт, на котором нет сложной логики и функционала (например одностраничный сайт-визитка). Во всех остальных случаях лучше сначала разработать прототип, чтобы на остальных этапах создания сайта было меньше проблем и лишней работы.