Возможно, сохранился запах от упаковочного материала, или еще не выветрившийся запах использованных материалов (напр., пластмассы).
Можно попробовать обработать поверхность микроволновой печи водой с уксусом или содовым раствором, кроме того, натуральный кофе хорошо нейтрализует неприятные запахи (протереть и оставить на пару часов).