Яндекс.Диск не занимается перекодированием или иной обработкой медиафайлов пользователей.
Поэтому если на другом устройстве - в вашем случае на ПК - файлы воспроизводятся не так, как они работают на телефоне, то проблемы именно с ПК.
Наиболее вероятной причиной будет отсутствие необходимых кодеков для корректного воспроизведения видео. Чтобы не утруждаться поисками конкретного типа сжатия, что было использовано софтом телефона, да и вообще устранить возможные подобные проблемы в будущем, лучше всего скачать и установить на компьютер готовые сборки наиболее популярных кодеков.
Это могут быть как отдельно кодеки, которые будут работать со штатным плеером (например K-lite Kodek Pack), так и сторонние плееры, в состав которых уже включены эти самые кодеки (например VLC media player).
Если на другом устройстве - в вашем случае на ПК - файлы воспроизводятся не так, как они работают на телефоне, то проблемы именно с ПК. Потому что на Яндекс.Диске форматы каких-либо записей не меняют.