Если вам полностью переустанавливали операционную систему, то скачанные файлы с Яндекс.Диска, скорее всего, были удалены, либо остались в папке Windows.Old. Но, если ничего не удаляли и файлы пропали чисто с самого Яндекс.Диска, то это не из-за ремонта ноутбука. Проверьте файлы в корзине Яндекс.Диска, возможно, вы их удалили.