последовательный регистр состоит из D-триггеров с 3 входами,R C D, но на самой схеме D триггера не видно третьего входа R, как тогда его по

Работа триггера происходит по входам С и Д. Если вы хотите решить вашу проблему и наблюдать за работой, то работа генератора не должна превышать 1 Гц. У триггера есть два состояние: установки и сброса. Вам нужно понять, в каком состоянии находится данный триггер. Если в состоянии установки, то R вход будет находиться на логическом уровне 0, а если в состоянии сброса, то R вход будет находиться на уровне 1.