И на какой системе налогообложения ИП это выгоднее делать? Если заказчик будет все рекламные бюджеты проводить через расчетный счет ИП, выгоднее перейти на "доходы-расходы" и платить 15% или же можно как то показать, что это не доходы а транзитные деньги и платить 6%?
Если вам необходимо пропускать через ИП, то это делается как транзитные деньги, совершенно верно.
Я рекомендую платить напрямую в кабинет яндекса, во избежание лишних махинаций со стороны исполнителя. Вы платите НДС в любом случае, даже если платите с карты. Если бюджеты большие (больше 300 тысяч) - можно обратиться в системы, которые дают "откат" с объема. Например click.ru
Всегда и аккаунты регистрировать, и оплачивать все сервисы, в том числе контекст, лучше самостоятельно. Занимает минимум времени, но вы уверены, что все документы закрыты (они сразу предоставят акты), и что деньги пошли не на нужды специалиста по контексту, а на вашу рекламу.