Смотря что подразумевать под этим словом.
"Метро-2" - журналистская байка перестроечных времен. Никакой "системы правительственного метро" никогда не проектировалось и не строилось. Это бессмысленное и дорогое излишество.
А вот протяженные подземные спецтоннели различного назначения - существуют. Правда, в Москве в них далеко не всегда проложен рельсовый путь. Причем, тоннели, строившиеся в 1940-1960-х годах, в настоящее время рассекречены. Но в интернете и публицистике все равно продолжают муссироваться старые байки по теме.